Actualmente el Club Balonmano Santoña trabaja una escuela Deportiva la cual está formada por más de 70 integrantes entre deportistas y cuerpo técnico.

La escuela municipal de balonmano tiene como coordinador  a Bruno Peña Valmaseda y consta de los siguientes equipos: ASADOR TIO MARI BM. SANTOÑA  benjamín mixto dirigido por Alberto Izquierdo y Carlos Peña, ACV BM. SANTOÑA alevín masculino masculino dirigido por Alberto Izquierdo y Carlos Peña, CONSERVAS CARLANMAR BM. SANTOÑA infantil masculino dirigido por Samuel Pérez , " Samu ", CONSERVAS NUEVO LIBE  cadete masculino dirigido por Bruno Peña y José  Angel Herrera Redondo y NIVEL 10 BM. SANTOÑA juvenil masculino dirigido por Bruno   Peña y José Angel Herrera Redondo.