Actualmente el Club Balonmano Santoña trabaja una escuela Deportiva la cual está formada por más de 63 integrantes entre deportistas y cuerpo técnico.

La escuela municipal de balonmano tiene como director a Julián Ruiz y consta de los siguientes equipos: cadete dirigido por Bruno Peña, infantil masculino dirigido por Guillermo Herrero, Alevín masculino dirigido por Pablo de la Cueva Menocal  y benjamín mixto dirigido por Carlos  Peña.  El equipo juvenil por su parte está dirigido por Boban Veselinovic y José Fernández.

Benjamín mixto 1-2 temporada 2017/2018

Alevín mixto temporada 2017/2018

Infantil masculino temporada 2017/2018

Cadete masculino temporada 2017/2018

Juvenil masculino temporada 2017/2018